واقعه آن روز همه همکاران جهاد کشاورزی و پژوهشکده را اندوهناک ساخت. سوختگی شدید باعث شهادت مهندس رجایی شد و علی نیز پس از ده روز که در بیمارستان سوانح و سوختگی تهران بستری بود، چشم از جهان فرو بست.
روز هشتم مهر ماه سال 1384 علی در بیمارستان به شهادت رسید. پیکر پاک وی در همان روز با حضور انبوه همکاران پژوهشکده و مردم محلّه و جوانانی که هنوز وجود علی را در کنار خود احساس می کردند، با عزت و افتخار تشییع شد و پیکر پاک «شهید علی نفری افشار» که در هنگام انجام وظیفه به شهادت رسید، در قطعه50 بهشت زهرا، ردیف 58 شماره 21، در جوار شهدای انقلاب اسلامی به خاک سپرده شد.
« شهید علی نفری افشار» با بدنی سوخته اما با چهره ای شادمان و سپید در اوج جوانی در راه انجام وظیفه به شهادت رسید و دست روزگار چنین در سرنوشت او نوشت که در شب میلاد حضرت امام مهدی عج (ع) به دنیا آمده و پس از 23 سال در شب میلاد آن حضرت دعوت حق را لبیک گوید تا نام او در زمره شهدای انقلاب اسلامی جاودانه بماند. <ref>[http://navideshahed.com/fa/news/407119 سایت نوید شاهد]</ref> rId4==پانویس== منبع:سایت نویدشاهد<references />