با آغاز جنگ، دشمن با حملات هوایی، خسارتی را به پالایشگاه آبادان وارد آورد. در اول مهرماه 1359 آتش سنگین توپخانه دشمن آسیب جدی به شهر آبادان و تأسیسات پالایشگاهی و مخازن آن وارد ساخت. لیکن با رشادت کارکنان شریف و زحمتکش آن که در میان دود و آتش و شلیک مداوم خمپاره از تأسیسات پالایشگاه محافظت میکردند، بازسازی و دوباره فعال شد. از تاریخ 25/1/1359 تا 9/11/1365 این پالایشگاه بیست و سه بار مورد حمله هوایی قرار گرفت. «کدکراکر» که بلندترین تأْسیسات پالایشگاه است در تمام طول جنگ مورد استفاده واحدهای اطلاعات و توپخانه و ادوات در دیدبانی مواضع دشمن در غرب اروندرود مورد استفاده قرار میگرفت. دیوارهای پلیتی ضلع شمالی پالایشگاه که آثار ترکشهای فراوان آن نمایان است و اتاق فرمان پالایشگاه (گیت 18) از بقایای دوران جنگ در این پالایشگاه است.
کتاب اطلس جغرافیای حماسی، ص 75 ـ 76 ـ 777 ==پالایشگاه بعد از جنگ== پالایشگاه آبادان پس از پایان جنگ عراق علیه ایران به خاطر وارد آمدن خسارات و صدمات شدید، بسیاری از واحدها و دستگاه های خود را از دست داد. این پالایشگاه قبلاً دارای چهار دستگاه تقطیر هر یک با ظرفیت تقریبی ۱۰۰ هزار بشکه در روز، یک واحد تقطیر با ظرفیت۱۳۰ هزار بشکه، دو واحد تقطیر در خلأ هر یک با ظرفیت۴۰هزار بشکه، چندین واحد تولید فراورده و نیز حدود۲۰۰ مخزن ذخیره مواد نفتی بوده است. در دوران جنگ، بسیاری از این واحدها و بخشها تخریب گردیدند. اما پس از تصویب قطع نامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل متحد و برقراری آتش بس عملیات بازسازی فاز اول این پالایشگاه با ظرفیت ۱۳۰ هزار بشکه در روز آغاز و در فروردین ماه ۱۳۶۸ واحد بازسازی شده تقطیر ۸۵ وارد مدار تولید شد. فرآورده های تولیدی در این مرحله عبارتند از: گاز مایع، بنزین، نفت سفید، نفت گاز و نفت کوره سبک، گوگرد و ماده اولیه کارخانههای روغن سازی. بندر ماهشهر نیز که از سال ۱۹۶۹ میلادی(۱۳۴۸ شمسی) به صورت مرکزی برای صدور فرآورده های نفتی در آمد و از نظر انتقال فرآورده گلوگاه پالایشگاه آبادان محسوب میگردد، در حال حاضر با دارا بودن ۷۲ مخزن با ظرفیتهای مختلف و ۱۸ اسکلهی بارگیری و تخلیه محصولات نفتی و کالا یکی از بنادر بزرگ صادرات فرآورده های نفتی در جهان به شمار میرود که قادر به پذیرفتن کلیه کشتیهای حمل فرآورده تا حد ظرفیت ۵۰ هزار تن میباشد. به دنبال راه اندازی فاز اول دیگر دستگاه های پالایشگاه نیز از جمله واحدهای تقطیر در خلأ ۸۰ و ۷۵ و واحد تقطیر در خلأ ۶۰، ۵۵، تبدیل کاتالیستی، تفکیک گاز، کت کراکر، تهیه حلال و کارخانه روغن سازی در مدار تولید قرار گرفتند. http://forum.iranvij.ir/%D8%B4%DB%8C%D9%85%DB%8C-%D9%88-%D9%86%D9%81%D8%AA/158639-%D9%BE%D8%A7%D9%84%D8%A7%DB%8C%D8%B4%DA%AF%D8%A7%D9%87-%D9%87%D8%A7%DB%8C-%D8%A7%DB%8C%D8%B1%D8%A7%D9%86.html